จากปลายปี 2546 ต่อเนื่องมาถึงต้นปี 2549 ความไม่สงบในพื้นที่ 4 จังหวัดภาคใต้ คือปัตตานี ยะลา นราธิวาส และบางพื้นที่ในจังหวัดสงขลายังคงรุนแรงและคุกรุ่นอยู่ตลอดเวลา แม้รัฐบาลจะประกาศปรับแผนรับมือกับสถานการณ์ไฟใต้เป็นระยะๆ ก็ตาม ดูเหมือนว่าความไม่สงบในพื้นที่ชายแดนภาคใต้ได้หยุ่งรากลึกจนน่าหวั่นวิตก ปี 2548 รัฐบาลเลือกเดินสองแนวทางในการแก้ปัญหานี้คือการแต่งตั้งคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ และการประกาศพระราชกำหนดสถานการณ์ฉุกเฉิน และทั้งสองแนวทางยังไม่อาจหยุดยั้งเปลวไฟที่ยังคงลุกโซนในภาคใต้ได้